ÚK ČVUT je strukturovaná na centrální a detašovaná pracoviště (lokální knihovny). Centrální pracoviště působí v budově Národní technické knihovny (NTK) v Dejvicích.
Lokální knihovny jsou umístěny v prostorách mimodejvických fakult na FBMI, FD a FJFI.
Organizačně se ÚK ČVUT člení na oddělení, která působí v rámci centrálního pracoviště.
Oddělení tvorby fondů
Zabývá se akvizicí, zpracováním a zpřístupňováním fondu, a to knižního a časopiseckého (ve formě tištěné i elektronické), dále se zabývá správou a ochranou fondu. Jedná se o činnosti vykonávané v centrálním pracovišti ÚK ČVUT a lokálních knihovnách, které jsou založené na kontaktu s fakultami a katedrami (výběr požadavků na nákup informačních zdrojů, koordinovaná akvizice, cirkulace fondu). Patří sem také správa a rozvoj knihovního systému Aleph a budování Digitální knihovny ČVUT jako univerzitního repozitáře.
Oddělení služeb
Věnuje se činnostem a službám v centrálním pracovišti ÚK ČVUT. Jedná se o výpůjční služby (absenční, prezenční a meziknihovní), služby specializované (orientované jako e-služby) a služby ve studovně – služby bibliograficko-informační, poradenské a referenční, konzultační a reprografické. Služby jsou podmíněny kategorizací uživatelů tak, aby bylo možné na jejich základě organizovat a poskytovat informační zázemí pro studenty, pedagogy ČVUT a širší odbornou veřejnost.
Oddělení podpory studia
Zaměřuje se zejména na informační vzdělávání, v rámci kterého realizuje vzdělávací akce a připravuje materiály (příručky, dokumenty, propagační materiály). Zabývá se zajišťováním dostupnosti a využitím elektronických informačních zdrojů, připravuje školení a semináře. Další činností je tvorba a správa webových stránek ÚK ČVUT.
Oddělení podpory vědy
Pracuje s citačními databázemi a analytickým nástrojem InCites, poskytuje základní bibliometrické analýzy, poskytuje pomoc autorům s identifikováním jejich publikačních záznamů a citačních ohlasů, zejména v souvislosti s habilitačními a jmenovacími řízeními. Zajišťuje opravy dat a čištění profilu ČVUT v citačních databázích.
Sleduje vývoj v oblasti Open Access/Open Science, poskytuje k této tematice informace a konzultace autorům odborných publikací a organizuje vzdělávací akce. Spolupracuje s VIC ČVUT na importu záznamů a plných textů mezi V3S a Digitální knihovnou ČVUT (Dspace).
Součástí oddělení je redakce odborných časopisů Acta Polytechnica a Acta Polytechnica CTU Proceedings. Zajišťuje redakční proces a spravuje publikační platformu a publikační standardy (OJS, DOI, ORCID, Similarity Check) pro ČVUT. Poskytuje konzultace začínajícím autorům v oblasti odborného publikování, pořádá vzdělávací akce, participuje ve výuce a na akcích ČVUT.
Sekretariát ředitelky
Zabývá se řídícími a koncepčními činnostmi, tvorbou a řízením projektů a celkovým rozvojem ÚK ČVUT. Do kompetence útvaru spadá podpora vědy a výzkumu, redakce celouniverzitních vědeckých časopisů a správa lokálních knihoven, které jsou tak přímo řízeny ředitelkou ÚK ČVUT.